甘肃省工业微生物菌种保藏中心始建于2005年，是甘肃省自然科技资源平台的重要组成部分，同时是国家微生物资源平台工业微生物资源整理整合项目（编号2005DKA21204-13）承担单位，现为国家微生物资源平台参建单位，也是中国工业微生物菌种保藏管理中心（CICC）甘肃分中心依托单位，是专业从事工业微生物菌种资源保藏管理的公益基础性资源保藏机构，主要开展工业生产与研究应用微生物菌种资源的收集、整理、鉴定、保藏、供应与对外交流等业务。

 中心多年来严格按照《国家自然科技资源平台微生物菌种资源共性描述规范》等相关规程、规范和标准，有计划地对甘肃省工业微生物菌种资源保藏、利用单位进行了有效的菌种资源普查、整理及整合工作。通过筛选和纯化等手段，整理、整合具有优良工业性能的微生物菌种资源，包括细菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌和大型真菌，共计60个属140种700余株，库藏备份8000余支。保藏的菌种资源涵盖了食品工业、发酵工业、轻化工、生物转化以及石油、环保等领域，并选育了一些西部特有的耐寒、耐旱、高盐等极端环境微生物资源。可以为生产企业、研究院所提供多种菌种资源服务。

 2016年，本中心成为国家微生物资源平台授牌认可的参建单位，被授权成为西北地区唯一的微生物菌种服务网络节点单位；同年依托本平台建设的“甘肃省微生物资源与生物能源院士工作站”揭牌成立，使本平台的发展步入了一个新的发展时期。